特定口座の確定申告ガイド：損益通算と繰越控除

NISAの非課税枠を超えて投資する場合や、NISAを始める前から課税口座で投資していた場合は、特定口座で運用することがあります。

特定口座（源泉徴収あり）を選んでいれば原則として確定申告は不要、という基本や、口座の種類（源泉徴収あり・なし・一般口座）の違い、申告不要を選べる条件は投資の確定申告ガイドで整理しています。特定口座の利益には原則20.315％の税金がかかり、源泉徴収ありの口座ではこれが自動で差し引かれる点も同記事を参照してください。

この記事では、その先の各論――確定申告をすると有利になる「損益通算」「繰越控除」「配当控除」「外国税額控除」の中身に絞って深掘りします。

確定申告が有利になるケース

特定口座（源泉徴収あり）でも、確定申告をした方が有利になる場合があります。

代表的なのは、次のようなケースです。

• 複数の証券会社で利益と損失がある
• その年の損失を翌年以後に繰り越したい
• 上場株式等の配当や分配金と譲渡損失を通算したい
• 外国株式や外国ETFの配当で外国税額控除を使いたい

ただし、確定申告をすると、扶養や社会保険料に影響する場合があります。

有利かどうかは、税金だけでなく家計全体で判断する必要があります。

損益通算

損益通算とは、同じ年の利益と損失を相殺して、課税対象を減らす仕組みです。

たとえば、A証券で30万円の利益が出て、B証券で20万円の損失が出たとします。

確定申告で損益通算すると、課税対象は次のようになります。

30万円 − 20万円 ＝ 10万円

A証券の利益からすでに税金が引かれている場合、払いすぎた分が還付される可能性があります。

損益通算できるのは、上場株式、投資信託、ETFなどの上場株式等に係る譲渡損益と、上場株式等の配当・分配金です。

ただし、配当・分配金と損益通算するには、その配当・分配金について申告分離課税を選ぶ必要があります。

総合課税を選んだ配当は、上場株式等の譲渡損失とは損益通算できません。

また、NISA口座の損益は、特定口座や一般口座の損益と通算できません。

繰越控除

繰越控除とは、その年に相殺しきれなかった損失を、翌年以後3年間にわたって繰り越し、将来の利益と相殺できる制度です。

たとえば、今年50万円の損失が出て、翌年30万円の利益が出た場合、繰り越した損失と相殺して、翌年の課税対象を0円にできる可能性があります。

この場合、残りの20万円の損失は、さらに翌年以後に繰り越せます。

繰越控除を使うには、損失が出た年から毎年、連続して確定申告を行う必要があります。

利益が出ない年や、上場株式等の譲渡がなかった年でも、繰越控除を継続するためには確定申告が必要です。

ここを忘れると、せっかくの損失を翌年以後に使えなくなることがあります。

配当控除

国内株式の配当を受け取った場合、確定申告で総合課税を選ぶと、配当控除を受けられることがあります。

課税所得が低い人では、源泉徴収された20.315％よりも税負担が軽くなり、還付を受けられる場合があります。

ただし、総合課税を選ぶと、配当が給与など他の所得と合算されます。

所得が高い人には不利になることがあります。

また、総合課税を選んだ配当は、上場株式等の譲渡損失とは損益通算できません。

損益通算を重視するなら申告分離課税、配当控除を重視するなら総合課税、というように、目的によって選択肢が変わります。

外国税額控除

外国株式や外国ETFの配当には、現地で源泉徴収されることがあります。

たとえば、特定口座で外国株式の配当を受け取る場合、外国で源泉徴収されたあと、日本でも課税されることがあります。

この場合、二重課税になるため、確定申告で外国税額控除を使うことで、外国で支払った税金の一部を日本の税金から差し引ける場合があります。

ただし、控除額には上限があります。

外国で引かれた税金が、必ず全額戻るわけではありません。

また、NISA口座で外国株式や外国ETFの配当を受け取る場合、国内では非課税でも、外国で源泉徴収された税金は差し引かれることがあります。

NISA口座では、外国税額控除を使えない点にも注意が必要です。

確定申告の注意点

確定申告をする場合は、税金だけでなく、扶養や社会保険料への影響も確認が必要です。

源泉徴収ありの特定口座内の利益や配当等は、申告不要を選べる場合があります。

申告不要にした場合、その所得は原則として住民税や国民健康保険料などの算定対象に含まれません。

一方で、損益通算や繰越控除などのために確定申告をすると、申告した所得は住民税にも反映されます。

その結果、税法上の配偶者控除・扶養控除の判定、国民健康保険料、介護保険料、後期高齢者医療保険料などに影響する場合があります。

また、令和6年度以降は、上場株式等の配当所得等や譲渡所得等について、所得税と住民税で異なる課税方式を選ぶことはできません。

以前のように「所得税では申告するが、住民税では申告不要にする」といった選び方はできないため、申告するかどうかは慎重に判断しましょう。

NISA口座との関係

NISA口座で生じた利益は非課税のため、確定申告の対象にはなりません。

一方で、NISA口座で生じた損失は、特定口座や一般口座の利益と損益通算できません。

繰越控除もできません。

NISA口座の損失は、税金計算上はなかったものとして扱われるイメージです。

NISA口座では、短期売買ではなく、長期で保有する前提の商品を選ぶことが大切です。

まとめ

特定口座（源泉徴収あり）なら、利益が出ても確定申告は原則不要です。

ただし、損失が出た場合や、複数の証券口座で利益と損失がある場合は、確定申告をすることで損益通算や繰越控除を使えることがあります。

繰越控除を使えば、相殺しきれなかった損失を翌年以後3年間繰り越せます。

ただし、損失が出た年から毎年、連続して確定申告が必要です。

国内株式の配当で配当控除を使いたい場合や、外国株の配当で外国税額控除を使いたい場合も、確定申告が選択肢になります。

一方で、確定申告をすると、扶養や国民健康保険料、介護保険料、後期高齢者医療保険料に影響することがあります。

確定申告をするかどうかは、税金の還付だけでなく、社会保険料や扶養への影響も含めて考えましょう。

本記事は損益通算・繰越控除などの仕組みを整理した一般的な情報であり、個別の税務判断を行うものではありません。

必要に応じて税務署や税理士に確認してください。

※本記事の税制は2026年5月時点の情報です。所得税率、住民税の扱い、損益通算・繰越控除のルールは変更される可能性があります。最新情報は国税庁、各自治体、利用中の証券会社の公式情報で確認してください。